总督漕运公署遗址遗产区是世界文化遗产中国大运河淮安段入选的两处遗产区之一。漕运总督遗址遗产区位于淮安区城区中心，是历史上主管全国漕运的唯一机构一-总督漕运部院的所在地，历史上曾有二百三十七位漕运总督在这里办公。遗产区现有明清淮安府衙、总督漕运公署遗址以及镇淮楼。它们在同一条中轴线上。

漕运总督署遗址处原为楚州、淮安路、淮安府、淮安卫的官署。万历七年( 1579)，漕运总督凌云翼将漕运总督署由城南府街永安营移于此。漕运总督署经明清两朝总督多次整饬、增修，格局宏大，画梁雕柱，飞檐翘角，雄伟壮观，气势恢弘。整个建筑群计有房二百一十三间。门前有宽大雄伟的照壁，右边有票事房;照壁右有吹亭，左有鼓楼，门前两旁有一对两丈多高纤尘不染的巨型白矾石狮。中轴线上建有大门、二门、大堂、二堂、大观楼、淮海节楼。东侧有官厅，书吏办公处，东林书屋，正值堂、水土祠及一览亭等;西侧有官厅，百录堂，师竹斋、来鹤轩等，大门前有照壁，东西两侧各有一座牌坊。

清末时漕运总督迁至清江浦原南河总督署，该地在光绪时改建为江北陆军学堂。民国时期，东侧辟为体育场。1940年代，明清漕运总督署建筑被毁。

1988年，淮安市政府为漕运街门重建门厅九间，中间三间面阔十一米，门楣置“总督漕运部院"匾额。